Σκοπός του Ιδρύματος Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα είναι αφενός, η διατήρηση και διάδοση της μνήμης των αγώνων του Ελληνισμού για την απελευθέρωση της Μακεδονίας -ιδιαίτερα του Μακεδονικού Αγώνα- και αφετέρου, η επιστημονική μελέτη της νεότερης ιστορίας